L'origine di Frosolone è testimoniata da resti di mura ciclopiche situate in località Civitelle e risalenti al periodo antecedente la prima guerra Sannitica, il che fa supporre l'esistenza di una rocca molto importante.

Tuttavia diverse sono le ipotesi che ruotano intorno alla nascita del piccolo centro isernino; appare plausibile l'ipotesi secondo la quale l'attuale Frosolone corrisponde alla "Fulsulae" Sannitica di cui parla Tito Livio (tesi del Ciarlanti); altrettanto probabile risulta la tesi del Masciotta, il quale ritiene che bisogna seguire l'opinione del dotto Corcia, secondo cui Frosolone sarebbe la Fresilia presa dal dittatore Marco Valerio Massimo nel 304 a.C.

Altrettanto attentibile è l'ipotesi del Colozza, il grande pedagogista frosolonese, che, con fondate argomentazioni, fa derivare Frosolone da una colonia di Frusinate (cittadini di Frosinone) emigrati in quel territorio. L'esistenza di due antichissimi monasteri benedettini costruiti a breve distanza fra di loro, sia da un punto di vista spaziale che temporale, avvalorerebbe fortemente questa tesi.

Le due antiche struttire sono il monastero di S. Benedetto e il monastero di S. Colomba. Del primo esistono dei ruderi sulla vecchia mulattiera che porta da Frosolone a Civitanova del Sannio; del secondo, invece, è chiaramente visibile la pianta dell'edificio ai piedi del monte Gonfalone, a poche centinaia di metri dal paese.

Dei due monasteri se ne fa menzione in alcuni documenti del 1020 e del 1070, tanto basta a poter datare le due strutture all'epoca longobarda, quando Frosolone faceva parte della Contea di Isernia.

In seguito Frosolone ha fatto parte della Contea normanna del Molise, della terra del lavoro e alla Capitanata, fino al 1807 quando il Molise fu eretto provincia autonoma con capoluogo Campobasso.

Numerose sono le testimonianze di un passato che ha visto il piccolo centro diventare un importante polo culturale e religioso. Resti di conventi, non solo geatiti dai benedettini, ma anche dai francescani (i fraticelli di Celestino V) e dai templari, dimostrano l'intensa attività svolta dai religiosi. Disseminate in montagna vi sono diverse fontane con nomi dedicati ai santi, come Fonte dei frati, Fonte S. Onofrio, Fonte di S. Maria, Fonte di S. Marco. Ma una delle testimonianze più importanti è la chiesetta di S. Egidio, situata in montagna, eretta sulle fondamenta di un'antichissima cappella dipendente dal convento di S. Onofrio.